Wystąpienia studentów

Michał Adamski
Wpływ starzenia i choroby Parkinsona na wyniki własnej implementacji testu Rod and Frame w wirtualnej rzeczywistości

Celem pracy była implementacja testu Rod and Frame w wirtualnej rzeczywistości (VR-RFT) oraz analiza wpływu starzenia i choroby Parkinsona na wyniki. Test polega na ustawieniu pręta w pionie przy użyciu rolki myszki dla 19 różnych ustawień ramki. Zwiększona zależność od wizualnego układu odniesienia w orientacji przestrzennej ciała i ocenie pionu u osób starszych to konsekwencja pogorszenia funkcjonowania pozostałych mechanizmów utrzymywania równowagi - czucia głębokiego oraz błędnika. Nie wykazano zwiększonej zależności od wzroku w początkowej fazie rozwoju choroby Parkinsona, natomiast zauważono znaczący wpływ starzenia na wyniki. Stworzono matematyczny model opisujący wyniki eksperymentalne. Jego dwa parametry opisujące siłę dwóch atraktorów układu pomiarowego (krawędź ramki i jej przekątna) pozwalają na ocenę dysproporcji wzrostu siły atraktorów z wiekiem.


Maciej Duda
Biofunkcjonalizacja powierzchni kardiowaskularnych do potencjalnych zastosowań w kardiologii interwencyjnej

Zabieg przezskórnej angioplastyki wieńcowej, wykorzystujący stenty kardiowaskularne, jest jedną z głównych metod leczenia w dzisiejszej kardiologii interwencyjnej. Niestety, u 30% pacjentów występują powikłania pooperacyjne, powodujące wtórne zwężanie światła tętnicy wieńcowej. Do najpoważniejszych z nich należą nadnaturalna proliferacja i migracja komórek mięśni gładkich (VSMCs), czyli restenoza oraz zakrzepica, będąca efektem procesu adhezji płytek krwi na implancie kardiowaskularnym. Bieżące badania nad stentami prowadzone są pod kątem minimalizacji lub całkowitej eliminacji tych powikłań, dlatego też celem naszej pracy jest efektywna biofunkcjonalizacja powierzchni stentów kardiowaskularnych za pomocą przeciwciał anty-CD133, specyficznych względem progenitorowych komórek śródbłonka (EPCs). Po związaniu, komórki te różnicują w dojrzały śródbłonek i pokrywają powierzchnię implantu. Zmodyfikowane materiały powinny wykazywać się wysoką reendotelializacją z jednoczesną inhibicją adhezji i proliferacji komórek mięśni gładkich.


Katarzyna Dziergowska
Analiza i ocena możliwości wykorzystania cieczy łzowej do oceny poziomu glukozy u pacjentów

Celem pracy była analiza i ocena możliwości wykorzystania cieczy łzowej do oceny poziomu glukozy u pacjentów. Badania zostały przeprowadzone z wykorzystaniem metod spektroskopowych. Uzyskane wyniki oraz przeanalizowana literatura potwierdzają, iż istnieje korelacja między stężeniem glukozy we krwi a w cieczy łzowej, co daje szansę na opracowanie nowej metody pomiarowej. Motywacją do napisania pracy na ten temat jest bardzo szybko rosnąca zachorowalność na cukrzycę typu II, a co za tym idzie konieczność kontroli glukozy u coraz większej liczby osób. Obecnie stosowane do tych pomiarów glukometry są niedoskonałe i mają wiele wad, a opracowane do tej pory metody wykorzystujące inne medium niż krew, mimo iż bardzo szybko się rozwijają, nie są jeszcze wykorzystywane przez pacjentów na co dzień.


Katarzyna Fojcik
Zastosowanie uczenia maszynowego do monitorowania stanu klinicznego pacjentów z chorobą Parkinsona

Celem pracy dyplomowej było opracowanie algorytmu oceny testu Finger Tapping (FTT, z ang. Finger Tapping Test) i przetestowanie jego skuteczności w diagnostyce choroby Parkinsona (PD, z ang. Parkinson's Disease). Zakres pracy obejmował zaprojektowanie i zaimplementowanie aplikacji FTT na urządzeniu mobilnym oraz przeprowadzenie testu na grupie osób z PD i grupie osób zdrowych. W oparciu o zebrane dane oraz dane pochodzące z projektu dotyczącego wykorzystania urządzeń mobilnych w ocenie stanu pacjentów z PD opracowano ilościową ocenę FTT, a także zaprojektowano klasyfikatory, wykorzystując metody uczenia maszynowego.


Adam Gozarski
Opracowanie bazy danych zmian poziomu ekspresji krążącego miRNA w chorobach nowotworowych

Praca jest poświęcona zaprojektowaniu i utworzeniu bazy danych oraz wprowadzeniu do niej zebranych krotek dotyczących krążącego miRNA, uwzględniając zmiany w poziomie ekspresji w danej chorobie nowotworowej. Baza ta posłuży do dalszych badań nad znalezieniem powiązań między zmianami ekspresji miRNA, a obecnością i rozwojem nowotworów w ludzkim organizmie.


Joanna Hajduk
Zbadanie wpływu wybranych jonów z serii Hofmeistera na mechanikę ekstrudowanych liposomów

Ze względu na środowisko jonowe w organizmach żywych istotnym zagadnieniem jest zbadanie wpływu jonów na właściwości agregatów lipidowych, które są ważnym materiałem budulcowym struktur komórkowych. Celem pracy było opisanie wpływu jonów Na+, K+, Ca2+ i Mg2+ w różnych stężeniach na właściwości modelu agregatu lipidowego w postaci liposomów, w tym na siłę ekstruzji i rozmiar tworzonych liposomów. W tym celu ekstrudowano liposomy MLV, wytworzone metodą suchego filmu lipidowego, przez membrany poliwęglanowe z porami o średnicy 100 nm, mierząc jednocześnie siłę potrzebną do wykonania tego procesu. W pracy pokazano, że obecność jonów ma wpływ na siłę ekstruzji, jak również na polidyspersyjność tworzonych liposomów.


Aleksandra Kaczorowska
Badanie mechanizmu działania inhibitorów metylacji DNA na zmianę właściwości biomechanicznych chemoopornych komórek ostrej białaczki szpikowej

Celem pracy jest badanie za pomocą pęsety optycznej zmian właściwości biomechanicznych chemoopornych komórek ostrej białaczki szpikowej (AML) indukowanych inhibitorami metylacji DNA. Skorelowanie wyników badań właściwości biomechanicznych komórek ze zjawiskiem chemooporności pozwoli na wprowadzenie nowego narzędzia do szybkiej diagnostyki komórek chemoopornych na podstawie ich sztywności. Określenie wewnątrzkomórkowej lokalizacji leku, z wykorzystaniem fluorescencyjnej mikroskopii konfokalnej oraz cytofluorymetrii przepływowej, umożliwi określenie zależności pomiędzy jądrową lokalizacją leku a wrażliwością na apoptozę komórek AML. Podjęta zostanie próba przywrócenia wrażliwości chemoopornych komórek ostrej białaczki szpikowej na cytostatyki stosowane w chemioterapii. Wyniki badań przyczynią się do zwiększenia możliwości terapeutycznych pacjentów poprzez sekwencyjne zastosowanie inhibitorów metylacji DNA z lekami cytostatycznymi stosowanymi w aktualnych schematach leczenia pacjentów.
Badania prowadzone są we współpracy z Instytutem Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu na macierzystych komórkach ostrej białaczki szpikowej pobranych od pacjentów Kliniki Hematologii, Nowotworów Krwi i Transplantacji Szpiku Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu.


Tomasz Klimek
Aplikacja mobilna do badania słuchu

Referat poświęcony projektowi aplikacji mobilnej, przeznaczonej do samodzielnego wykonywania badania słuchu. Celem było stworzenie prostej, przejrzystej i intuicyjnej aplikacji, dzięki której użytkownik dysponując jedynie zestawem słuchawkowym oraz smartfonem z systemem operacyjnym „Android” miałby możliwość wykonania audiogramu dla obu uszu.


Robert Kowalski
Maszynowe uczenie gramatycznych deskryptorów sekwencji białkowych

Celem pracy była implementacja maszynowego uczenia probabilistycznego modelu gramatycznego sekwencji białkowych. W pracy opisano pierwszorzędową strukturę białek, podstawy algorytmów ewolucyjnych i procesy uczenia maszynowego z wykorzystaniem przykładowego algorytmu genetycznego, oraz podstawowe pojęcia związane z gramatykami formalnymi. Zbadano wpływ parametrów zaimplementowanego algorytmu na proces uczenia przeprowadzając szereg eksperymentów dla języków testowych. Sprawdzono skuteczność zaimplementowanego algorytmu ucząc języka opisującego dobrze poznaną grupę sekwencji aminokwasów.


Kamila Kulczycka
Badania spektroskopowe procesów oligomeryzacji i agregacji krótkich peptydów

Celem pracy było zastosowanie spektroskopii absorpcyjnej w podczerwieni z transformatą Fouriera z wykorzystaniem techniki osłabionego całkowitego odbicia (ATR-FTIR) do wykonania pomiarów dziesięciu próbek krótkich peptydów potencjalnie amyloidogennych. Następnie przeprowadzenie analizy ich widm w podczerwieni w celu określenia zawartości drugorzędowych struktur beta oraz ustalenie, czy dany peptyd ulega procesom oligomeryzacji i agregacji. Obserwacje eksperymentalne porównano z danymi umieszczonymi w bazie białek WALTZ. Wyniki wszystkich pomiarów, niezależnie od ich warunków (od suchych próbek do pomiarów w roztworze po upływie miesiąca) są spójne i pozwalają na wyciągnięcie takich samych wniosków po każdej z serii pomiarowych. Eksperyment wykonano, ponieważ rozróżnienie struktur oligomeru od agregatu jest istotne z punktu widzenia medycyny. Przydatność tego typu badań wynika z istnienia korelacji pomiędzy zdolnością peptydów do agregowania i występowania chorób neurodegeneracyjnych, takich jak na przykład choroba Alzheimera. Istotny jest również fakt, że proces i przyczyna agregacji wciąż nie zostały wyjaśnione. Zrozumienie mechanizmu powstawania szkodliwych białek mogłoby pomóc w hamowaniu rozwoju chorób, z którymi są związane oraz opracowaniu metod ich leczenia.


Maria Porzezińska
Konstrukcja czujnika do nieinwazyjnego określania stężenia bilirubiny w płynach ustrojowych

Bilirubina jest toksycznym barwnikiem żółciowym, który powstaje na wskutek rozpadu hemoglobiny i jest neutralizowany przez wątrobę. Różne zaburzenia powodują hiperbilirubinemię, której objawem jest żółtaczka. Jest to patologia prowadząca do zatrucia organizmu i śmierci pacjenta. W niniejszej pracy omówiono komercyjne sposoby pomiaru stężenia bilirubiny w płynach ustrojowych. Następnie zaproponowana została metoda nieinwazyjnego pomiaru stężenia bilirubiny we krwi na podstawie spektrometrycznych pomiarów widma odbiciowego twardówki. W części eksperymentalnej, skonstruowano próbny układ pomiarowy. Wykorzystując przygotowane fantomy gałki ocznej, wstępnie sprawdzono jakość zaproponowanej metody i wykonalność pomiarów.


Jakub Wojciechowski
Predykcja i charakteryzacja fragmentów amyloidowych w białkach

Predykcja i charakteryzacja fragmentów amyloidowych w białkachstruktur jest obecność motywu zamka błyskawicznego (ang. Sterric Zipper) złożonego z dwóch ciasno upakowanych beta-kartek, tworzonych przez krótkie fragmenty białek. Zaproponowano wiele doświadczalnych metod badania takich fragmentów jednak są one kosztowne i czasochłonne. Z tego względu zaproponowano szereg technik bioinformatycznych, jednak ich skuteczność wciąż jest nie wystarczająca. Aby rozwiązać ten problem zaproponowaliśmy nową metodę predykcji fragmentów amyloidowych, wykorzystującą modelowanie homologiczne na 7 strukturach włókien amyloidowych reprezentujących 7 potwierdzonych eksperymentalnie klas strukturalnych motywu zamka błyskawicznego.